雨城区疾病预防控制中心前身为雅安县卫生防疫组，始建于1956年。1974年正式成立雅安县卫生防疫站，1983年撤县建市，更名为雅安市卫生防疫站，2000年撤地建市，更名为雨城区卫生防疫站。2004年11月4日，按照雅安市雨城区机构编制委员会《关于组建雨城区疾病预防控制中心的批复》规定，正式组建成立雨城区疾病预防控制中心。目前雨城区疾病预防控制中心位于雨城区多营镇茶马大道140号，现占地面积3154.66平方米，业务用房总建筑面积3677.82平方米。现有各类检测、办公设备400多台件，设备总值近600多万元。中心新建业务大楼位于康藏路155号,建筑面积3500余平方。
雅安市雨城区疾病预防控制中心主要承担雨城区传染病监测和防控，免疫规划管理和疫苗相关疾病监测，艾滋病、结核病、血吸虫病和疟疾等重大传染病和重大疾病防控，碘缺乏病、地氟病、大骨节病、克山病等地方病防治，高血压、糖尿病、严重精神障碍患者的规范化管理等慢性病防控，生活饮用水、公共场所、职业卫生、学校卫生等健康危害因素监测，健康教育与健康促进工作，突发公共卫生事件应急处置等工作。同时增挂“雨城区促进基本公共卫生服务均等化指导中心”和“雨城区家庭医生签约服务指导监督中心”的牌子并承担相应工作。
中心核定编制44人，其中管理岗位2个，专业技术岗位38个，工勤技能岗位4个,现有在职职工48人(在编42人,聘用6人)，其中硕士学历1人，本科学历22人。高级职称9人，中级职称8人。
目前，中心共设置有3个职能科室：办公室(应急办、健康教育科、信息科)、财会科、总务科；设置有8个业务科室：传染病管理科、免疫规划科、地方病科、卫生监测科、结核、艾滋病科、慢病科（基公服）、检验科（质量控制科）、体检门诊科。